1973年	6月井本冀汎が神戸市にて資本金100万円で会社設立し、神戸港～門司港間で輸送開始
1974年	10月内航運送取扱事業の許可を受ける
1975年	6月門司出張所開設
1978年	1月新造船｢大誠丸｣（445G/T・64TEU）を建造し、神戸～門司航路に投入 1月第三者割当増資により資本金1,000万円に増強 11月第三者割当増資により資本金3,500万円。大阪船舶の資本参加を得る
1979年	7月神戸～門司間にて上組と業務提携を行い共同運航開始 10月外航船社の広島CY開設に伴い、阪神～広島航路開始
1980年	7月マツダ運輸広島（現・マツダロジスティクス）と業務提携し、広島～神戸航路を1隻3便/週で運航開始
1982年	5月第三者割当増資、資本金4,000万円。上組が資本参加
1983年	8月神⼾〜博多航路開始 11月取り扱い増に伴い、大型のコンテナ専用船で初の船首ブリッジ船「新大誠丸｣（499G/T・110TEU）就航
1984年	12月博多営業所開設し、阪神～博多航路を週1便から3便に増強
1985年	2月神戸港でポートアイランドに次ぎ、六甲アイランドへの寄港開始 3月初の社船として中古船の「雄鵬丸｣（496G/T・72TEU）を購入
1987年	3月東京営業所開設
1989年	3月大阪商船三井船舶（現・商船三井）とマースクの資本参加を得る
1990年	3月本社事務所移転（神戸市中央区 建大ビル）
1991年	3月初の社船建造「新神戸｣（499G/T・110TEU）就航
1995年	1月阪神・淡路大震災発生（1月17日）の後、1週間後の1月24日に神戸港に暫定寄港し滞留コンテナの他港排出を開始する 5月神戸港外航バース暫定復旧により本船の寄航開始。公共バースでの本格的な内航フィーダーの再開（6月23日）
1996年	1月東日本航路に進出 9月オー・オー・シー・エル・ジャパン（現・オリエントオーバーシーズコンテナラインリミテッド）がマースクより株式を譲受し資本参加
1998年	3月神戸港で内航船の外航バース直着け開始
2001年	6月井本隆之が代表取締役社長に就任
2002年	4月神戸ポートリサイクルに出資
2003年	5月本社事務所移転（神戸市中央区 松岡ビル）
2004年	9月国民保護法による指定公共機関に指定される
2008年	5月グリーン経営認証取得
2009年	3月株主割当増資（資本金9,500万円）、井本持株会発足
2011年	3月東日本大震災発生（3月11日）の後、八戸港（4月）、仙台港（6月）、小名浜港（6月）、釜石港（7月）に順次寄港を再開 4月ナラサキスタックスとの協調により、苫小牧～京浜航路開始 5月神戸港からの支援物資を八戸港へコンテナで輸送支援 10月台風12号豪雨による災害廃棄物輸送を専用コンテナを使用して輸送（和歌山～神戸 2万トン/半年）
2013年	1月東日本大震災 災害廃棄物の輸送開始（宮古～大阪 4万トン/1年、石巻～門司 2万トン/7ヶ月） 2月本社事務所移転（神戸市中央区 神戸朝日ビルディング） 4月インフルエンザ等対策特別措置法の指定公共機関に指定される 8月創業者井本冀汎が逝去（享年81歳） 11月国内最大コンテナ船「さがみ」（2,446G/T・404TEU）就航
2015年	12月球状船首型国内最大コンテナ船「なとり」（7,390G/T・670TEU）就航。 「物流環境大賞、シップオブザイヤー小型船貨物船部門」など受賞
2016年	8月新基幹システム「COMS」（Container Operation Management System）稼働
2017年	8月船員派遣事業許可を取得 10月初の自社船員が入社
2018年	4月自社船員による社船運航開始「みかげ」（749Ｇ/Ｔ・194TEU) 9月相次ぐ大型台風20号、21号の高潮被害によって、神戸港内航バースに深刻な被害を受けたが、直後にモービルクレーンにより暫定運用を開始
2019年	4月iコンセプト（Imoto Integrated IT solutionsの各頭文字）に基づく新基幹システムiCOMS（Container Operation Management System）稼働 10月マースクとIBM社の共同開発による情報プラットフォーム「トレードレンズ」に参画
2020年	6月600TEU型船「なとり」初の大型船での自社船員化 6月日本財団による自律運航船実証実験プロジェクトに参画 8月熊本県令和2年7月豪雨が発生、災害廃棄物輸送を実施 9月令和2年度「船員安全・労働環境取組大賞」の特別賞を受賞
2021年	9月日本海フィーダー航路開設 12月創業以来の累計輸送量が1,000万TEUに到達
2022年	1月公益財団法人日本財団が推進する無人運航船プロジェクト「MEGURI2040」にコンソーシアム企業のメンバーとして参画し、実証実験に成功 2月海運業界向けの通信デジタル事業を展開するMarindows株式会社へ出資